Se l'Unione europea propone di definire un sito naturale come protetto in base alla legislazione europea, uno Stato membro dell'UE può rifiutare tale proposta soltanto per ragioni ambientali, e non per considerazioni economiche, sociali o culturali, o per particolarità locali o regionali. Questo principio, che si potrebbe definire di "supremazia" dell'ambiente sulle altre componenti della vita socio-economica, è stato appena fissato dalla Corte di Giustizia dell'Unione europea, in una sentenza legata a un caso tedesco.

Lo spunto per la sentenza è stato dato dai lavori di dragaggio del fiume Ems, in Germania. Le norme europee sulla conservazione degli habitat naturali e seminaturali e della flora e della fauna selvatiche si trovano in una direttiva del 2000 nota come "habitat". Questa norma istituisce una rete ecologica europea coerente di zone speciali di conservazione, chiamata «Natura 2000». Questa rete, formata dai siti in cui si trovano tipi di habitat naturali e habitat delle specie previsti dalla direttiva, deve garantire il loro mantenimento, o il loro ripristino, in uno stato di conservazione soddisfacente.

La direttiva europea prevede che ogni Stato UE trasmetta alla Commissione europea un elenco di siti da proteggere, i cosiddetti siti di importanza comunitaria. Sulla base di queste segnalazioni, e di rigidi criteri di tutela ambientale, viene poi compilato l'elenco dei siti di importanza comunitaria. Qualsiasi piano o progetto che possa incidere in modo significativo sul sito deve poi essere sottoposto a una valutazione del suo impatto sul sito medesimo, tenendo conto degli obiettivi di conservazione dello stesso. Quelli che pregiudicano l'integrità del sito protetto non vengono approvati dalle autorità nazionali.

La decisione della Corte europea ha molti effetti pratici. Primo: gli obiettivi di conservazione dei siti protetti, e la coerenza con la normativa europea su Natura 2000, hanno carattere ambientale e quindi prevalgono su ogni altra considerazione. Se uno Stato, Italia compresa ovviamente, vuole rifiutarsi di includere uno o più siti nell’elenco dei siti di importanza comunitaria elaborato dalla Commissione, lo può fare solo per motivi di tutela dell’ambiente. Esigenze economiche, sociali e culturali, nonché particolarità regionali e locali non possono giustificare un rifiuto. La Corte riconosce qualche eccezione minore al principio soltanto in caso di lavori iniziati prima dell'entrata in vigore della direttiva "habitat". Altrimenti, per qualsiasi lavoro o intervento nei siti protetti vige un solo principio: evitare il degrado degli habitat naturali e degli habitat di specie o perturbazioni significative delle specie per cui le zone protette sono state designate.