La Commissione europea introduce i sistemi di certificazione per tutti i tipi di biocarburanti usati nell'UE, compresi quelli importati, e definisce i requisiti che tali certificazioni devono rispettare per ottenere il riconoscimento. Secondo i criteri europei, i biocarburanti devono consentire riduzioni considerevoli delle emissioni di gas a effetto serra e non devono provenire da foreste, zone umide e aree naturali protette. Le nuove regole fanno parte della direttiva sull'energia da fonti rinnovabili, che entrerà in vigore a dicembre 2010.

Günther Oettinger, commissario europeo per l'energia, ha affermato: "Negli anni a venire i biocarburanti saranno l'unica alternativa alla benzina e ai combustibili diesel utilizzati per i trasporti, che causano oltre il 20% delle emissioni di gas a effetto serra dell'Unione europea. Dobbiamo garantire che anche i biocarburanti siano sostenibili. Il nostro sistema di certificazione - il più rigoroso tra quelli esistenti - garantirà che i biocarburanti rispettino gli standard ambientali più severi e avrà ripercussioni positive anche su altre regioni del mondo, perché si applica anche ai biocarburanti importati."

L'obiettivo europeo è quindi quello di impiegare unicamente biocarburanti sostenibili. L'UE incoraggia l'industria, i governi nazionali e le ONG a istituire "sistemi volontari" per certificare la sostenibilità dei biocarburanti e spiega quali standard devono essere rispettati. Dei revisori indipendenti devono esaminare l'intera catena di produzione, dall'agricoltore e dallo stabilimento al commerciante fino al distributore che fornisce la benzina o il carburante diesel alla stazione di servizio.

Per proteggere la natura incontaminata, i biocarburanti non devono essere ottenuti da materie prime provenienti da foreste tropicali o da aree deforestate di recente, da torbiere drenate, zone umide o aree ad elevata biodiversità e indica in che modo valutare questo elemento. La conversione di una foresta in una piantagione di palme da olio è in contrasto con i requisiti di sostenibilità.

Infine, saranno promossi solo i biocarburanti che consentono elevati risparmi di gas serra: i biocarburanti devono consentire un risparmio di gas a effetto serra rispetto a i combustibili fossili del 35%, che salirà al 50% nel 2017 e al 60% (per i biocarburanti prodotti da nuovi impianti) nel 2018.

La direttiva del 2009 sull'energia da fonti rinnovabili fissa come obiettivo generale per l'UE una quota del 20% di energia rinnovabile rispetto al consumo totale di energia entro il 2020. Ogni Paese UE deve raggiungere obiettivi precisi: l'Italia deve raggiungere il 17% ma a tutt'oggi è ancora lontana dal 10%. Le fonti di energia rinnovabili comprendono biomassa solida, vento, sole, acqua e i biocarburanti.