La presenza di parchi eolici inadeguatamente progettati o collocati in zone critiche può incidere negativamente su specie e habitat vulnerabili. Per questo motivo la Commissione europea ha pubblicato i suoi orientamenti sulla collocazione di parchi eolici in zone naturali protette. Obiettivo della misura le aree protette della rete Natura 2000, uno degli assi portanti della politica dell'Unione europea sulla biodiversità, uno strumento fondamentale per arrestare ed invertire la perdita di biodiversità entro il 2020.

L'energia eolica riveste un ruolo importante nell'obiettivo dell'UE di ottenere il 20% del totale del fabbisogno energetico europeo da energie rinnovabili entro il 2020, e la presenza di impianti eolici all'interno di aree Natura 2000 non è esclusa. D'altro canto, è importante valutare tali impianti caso per caso.

Il commissario europeo per l'ambiente Janez Potočnik ha affermato: "I nuovi orientamenti forniranno agli Stati dell'UE e all'industria indicazioni più chiare su come sviluppare attività e parchi eolici che rispettino i requisiti Natura 2000. Non sono stati apportati cambiamenti alla normativa o alle politiche in materia, si tratta semplicemente di orientamenti più precisi sulla legislazione vigente. Lo scopo è quello di assicurare che gli obiettivi legati all'energia rinnovabile siano raggiunti nel pieno rispetto della normativa UE sulla protezione delle specie naturali.".

Occorre evitare eventuali contrasti tra la presenza di impianti eolici e la conservazione della biodiversità all'interno di aree protette Natura 2000, attraverso una programmazione strategica e la necessità di sottoporre i progetti di nuovi parchi eolici a valutazioni adeguate, per evitare che gli impianti eolici arrechino danni ad aree naturali sensibili, e anche i rischi di difficoltà e ritardi a livello dei singoli progetti.

L'Europa si è posta l'obiettivo di ottenere entro il 2020 il 20% dell'energia di cui ha bisogno da fonti rinnovabili: l'energia eolica è destinata a contribuire in modo significativo al raggiungimento di questo obiettivo. L'energia eolica aiuta inoltre a ridurre considerevolmente i gas a effetto serra e le emissioni di inquinanti atmosferici, ma anche il consumo di acqua dolce connesso alla produzione di energia da fonti convenzionali nell'UE. La percentuale di energia eolica prodotta è cresciuta rapidamente nel corso degli ultimi dieci anni, e nel 2009 rappresentava circa il 4,8% del consumo totale di elettricità nell'UE. Entro il 2020 tale cifra sembra destinata a triplicare.

Il progetto Natura 2000, dal canto suo, è una rete ecologica a livello transnazionale costituita da quasi 26 000 siti ubicati nei 27 Stati dell'UE; è stata istituita dalla direttiva "Habitat" del 1992 e copre quasi il 18% del territorio dell'UE. Il suo scopo è assicurare la conservazione e l'uso sostenibile di aree di grande valore per la biodiversità, nonché la sopravvivenza a lungo termine delle specie e degli habitat europei più preziosi e maggiormente in pericolo. Natura 2000 non è un sistema di rigorose riserve naturali da cui è esclusa ogni attività umana. Sebbene la rete comprenda, ovviamente, riserve naturali, gran parte del terreno continuerà a rimanere di proprietà privata, ponendo in rilievo la necessità di una futura gestione sostenibile, dal punto di vista ecologico, economico e sociale.